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河流的渠道化和裁彎取直工程徹底改變了河流蜿蜒型的基本形態(tài)，急流、緩流相間的格局消失，而橫斷面上的幾何規則化，也改變了深潭、淺灘交錯的形勢，生境的異質(zhì)性降低，水域生態(tài)系統的結構與功能隨之發(fā)生變化，特別是生物群落多樣性將隨之降低，可能引起淡水生態(tài)系統退化。具體表現為河濱植被、河流植物的面積減少，生物多樣性降低，魚(yú)類(lèi)的產(chǎn)卵條件發(fā)生變化，鳥(niǎo)類(lèi)、兩棲動(dòng)物和昆蟲(chóng)的棲息地改變或避難所消失，造成物種的數量減少和某些物種的消亡。河床材料的硬質(zhì)化，切斷或減少了地表水與地下水的有機聯(lián)系通道，本來(lái)在沙土、礫石或黏土中辛勤工作的數目巨大的微生物再也找不到生存環(huán)境，水生植物和濕生植物無(wú)法生長(cháng)，使得植食兩棲動(dòng)物、鳥(niǎo)類(lèi)及昆蟲(chóng)失去生存條件。本來(lái)復雜的食物鏈（網(wǎng)）在某些關(guān)鍵種和重要環(huán)節上斷裂。如上所述，河流生態(tài)系統的重要特點(diǎn)是系統的整體性，即生態(tài)系統的各要素不能被分割而孤立存在。水是河流生態(tài)系統的重要要素，是河流生態(tài)系統的動(dòng)脈。當人們開(kāi)發(fā)和利用水資源時(shí)，如果硬要把水與生物群落分割開(kāi)來(lái)，放到一個(gè)直線(xiàn)線(xiàn)路、規則斷面并由人工材料建設的人工河道中，很顯然，這種新的河流生態(tài)系統將不再具備原來(lái)河流生態(tài)系統的整體功能和特點(diǎn)。

自然河流的非連續化造成的影響是將動(dòng)水生境改變成了靜水生境，兩者分別對應著(zhù)動(dòng)水生物群落和靜水生物群落。由于水庫水深遠大于河流水深，太陽(yáng)光輻射作用隨水深加大而減弱，在深水條件下，光合作用較為微弱，所以水庫生境的生態(tài)系統生產(chǎn)力較低，物質(zhì)循環(huán)和能量流動(dòng)都不如河流生態(tài)系統那樣通暢。水庫的淡水生態(tài)系統是一個(gè)相對封閉的系統，與河流生態(tài)系統相比較為脆弱，表現為抗逆性較弱，自我恢復能力也弱。退化的水庫一般難于自我恢復，需要人類(lèi)干預才有可能。水庫形成以后，原來(lái)河流上中下游蜿蜒曲折的形態(tài)在庫區消失了，主流、支流、河灣、沼澤、急流和淺灘等豐富多樣的生境代之以較為單一的水庫生境，生物群落多樣性在不同程度上受到影響。另外，筑壩以后給洄游魚(yú)類(lèi)造成了不可逾越的障礙。如果沒(méi)有建設適合魚(yú)類(lèi)習性的魚(yú)道，對某些瀕危的洄游魚(yú)類(lèi)將是致命的打擊。