工程設計階段。對工程設計內容界定不明確，特別是技術(shù)改造項目，將不需重新設計的折舊設備及設施的造價(jià)計入工程成本，從而使設計費用過(guò)高。另一方面，設計深度達不到甲方要求，要么投資失控，要么技術(shù)達不到實(shí)際要求。

　　工程施工前期。第一，工程招標時(shí)沒(méi)有按招標程序公開(kāi)招標，采用雙方私下議標方式，雖然該方式可以為甲方節約招標費用，但由于沒(méi)有優(yōu)選施工單位，施工期間施工單位可能先答應甲方的一切苛刻條件，并想方設法把工程攬到手，然后在施工期間通過(guò)費用索賠或結算糾紛獲利。第二，關(guān)于合同協(xié)議內容，目前國家建設部和國家工商總局已聯(lián)合制定了建設工程施工合同示范文本，但許多業(yè)主素質(zhì)不高，合同協(xié)議條款不嚴密，或與國家法律、法令、條例、技術(shù)規范、圖紙等相違背，或約定的權利和義務(wù)不明確，為日后經(jīng)濟糾紛埋下種子。第三，建設單位任意指定分包單位，但又不以合同形式明確總包單位與分包單位的權利與義務(wù)。第四，在資金方面，施工準備期內，乙方為攬到工程，會(huì )提出一些優(yōu)惠條件，如帶資或墊資承包，結算時(shí)又提出利息問(wèn)題。

　　工程施工階段

　　第一，工程施工過(guò)程中工程量的變更。在施工中，如遇到不利的自然條件和人為障礙，就要增加處理人為障礙的人工、材料和機械費用等。另外，如果一項工程由多家施工，那么就會(huì )帶來(lái)施工配合費用及交叉施工的問(wèn)題。

　　第二，有關(guān)施工材料方面。如施工中實(shí)際用料的數量與質(zhì)量，與設計料表出入較大，而雙方又沒(méi)有及時(shí)溝通，導致結算糾紛；或者施工材料的采購與保管，雙方未達成一致，其保管費用引起糾紛。

　　第三，甲方的特殊要求，如合同以外的檢查、試驗、加快工程進(jìn)度、提前占用工程等，引起雙方的糾紛。

　　第四，在工程驗收階段，由于施工工程質(zhì)量缺陷，如屋面防水不好、引起滲漏等起糾紛。

　　工程竣工期。施工單位高估冒算，建設單位片面壓價(jià)引起同一工程結算價(jià)差異較大；工程結算方式，按形象進(jìn)度結算，存在一定的主觀(guān)性，容易引起糾紛。

　　減少糾紛靠管理

　　加強設計環(huán)節管理。首先，甲乙雙方要加強工程技術(shù)方案的溝通，明確雙方的責任、義務(wù)。第二，對設計單位嚴格推行限額設計，一方面要求設計人員加強工程技術(shù)經(jīng)濟分析，在限定的投資條件下，優(yōu)化設計；另一方面以人為本，提高設計人員素質(zhì)，加大設計深度，力求最大限度使建設方滿(mǎn)意。

　　加強合同履行管理。簽訂協(xié)議盡量采用合同示范文體，對附加條款要仔細推敲，并請有關(guān)專(zhuān)家指導；妥善處理合同變更問(wèn)題。

　　加強施工各階段管理。首先要求施工管理人員及預算審定人員要深入現場(chǎng)掌握第一手資料。其次要求施工方在建設方的變更指令下進(jìn)行施工，然后雙方要簽定新的協(xié)議，以免發(fā)生爭端。對施工中乙方自購的材料，必須經(jīng)甲方進(jìn)行質(zhì)量認可，避免結算糾份。對隱蔽工程加強檢查，完善隱蔽工程現場(chǎng)簽證手續。

　　加強審查管理?？⒐そY算時(shí)，切實(shí)本著(zhù)實(shí)事求是的態(tài)度，深入細致進(jìn)行工程施工預算審查。對工程量不重不漏，依據施工組織設計，深入施工現場(chǎng)，實(shí)地核實(shí)工程量；定額套項合理，基價(jià)換算正確，費用計取要與企業(yè)資質(zhì)證書(shū)、核定工程類(lèi)別相符等。