《中華人民共和國土地管理法》、《基本農田保護條例》和國土資源部制定的有關(guān)規章對基本農田保護制度作了規定。這些制度概括起來(lái)主要有以下幾個(gè)方面：

　　基本農田保護規劃制度各級人民政府在編制土地利用總體規劃時(shí)，應將基本農田保護作為規劃的一項重要內容，明確基本農田保護的布局安排、數量指標和質(zhì)量要求。

　　基本農田保護區制度縣級和鄉（鎮）土地利用總體規劃應當確定基本農田保護區。保護區以鄉（鎮）為單位劃區定界，由縣級人民政府設立保護標志，予以公告。

　　占用基本農田審批制度基本農田保護區經(jīng)依法劃定后，任何單位和個(gè)人不得改變或者占用。國家能源、交通、水利、軍事等重點(diǎn)建設項目選址確實(shí)無(wú)法避開(kāi)基本農田保護區，需要占用基本農田，必須報國務(wù)院批準。

　　基本農田占補平衡制度建設占用多少基本農田，就必須補劃數量相等、質(zhì)量相當的耕地，確保本行政區域內土地利用總體規劃確定的基本農田面積不減少。

　　禁止破壞和閑置、荒蕪基本農田制度禁止任何單位和個(gè)人在基本農田保護區內建窯、建墳、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進(jìn)行其他破壞基本農田的活動(dòng)；禁止任何單位和個(gè)人閑置、荒蕪基本農田；禁止任何單位和個(gè)人擅自占用基本農田發(fā)展林果業(yè)和挖塘養魚(yú)。

　　基本農田保護責任制度縣級以上地方各級人民政府都要承擔基本農田保護的責任。要通過(guò)層層簽訂基本農田保護責任書(shū)，將基本農田保護的責任落實(shí)到人、落實(shí)到地塊，并作為考核政府領(lǐng)導干部政績(jì)的重要內容。

　　基本農田監督檢查制度縣級以上地方人民政府應定期組織土地、農業(yè)及其他有關(guān)部門(mén)對基本農田保護情況進(jìn)行檢查，發(fā)現問(wèn)題及時(shí)處理或向上級人民政府報告。

　　基本農田地力建設和環(huán)境保護制度地方各級人民政府農業(yè)行政主管部門(mén)和基本農田承包經(jīng)營(yíng)者，要采取措施，培肥地力，防止基本農田污染。